using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Threading.Tasks;

namespace BaseCellSimulation.Enzyms.Nucleus
{
    public class DNMT1 : InternalEnzym
    {
        public DNMT1()
        {
            Km = 0.01;
            Vmax = 0.25;
        }

        public override void ApplyChanges(CellRessources res, double dt)
        {
            // Berechne tatsächlich übertragene Methylmenge
            double dMethyl = Math.Min(rate * dt, res.Res.Protein.SAM);

            // Chromatinzugänglichkeit moduliert Effektivität
            double accessibilityFactor = Math.Clamp(res.Res.Nucleus.ChromatinAccessibility / 0.005, 0.1, 1.0);
            dMethyl *= accessibilityFactor;

            // SAM → SAH Umwandlung
            res.Res.Protein.SAM -= dMethyl;
            res.Res.Protein.SAH += dMethyl;  // 1:1 Bildung

            // Methylierung der DNA (vereinfachte Darstellung)
            res.Res.Nucleus.ChromatinAccessibility -= dMethyl * 0.005;
            if (res.Res.Nucleus.ChromatinAccessibility < 0)
                res.Res.Nucleus.ChromatinAccessibility = 0;
        }

        public override void ComputeRate(Resources res)
        {
            double activityFactor = Math.Min(1.0, res.Nucleus.ReplicationProgress / 10.0);
            Michaelis_Menten(res.Protein.SAM * activityFactor);
            rate *= activityFactor;
        }
    }
}